白蓮教徒接下滿清大臣納蘭元述（甄子丹）所下的對付革命黨人的命令后在廣州街頭借“扶清滅洋”的口號大肆搗亂洋人的使館、教堂等地盤甚至連小學生也不放過他們的舉動令黃飛鴻（李連杰）、十三姨（關之琳）與梁寬（莫少聰）異常氣憤 　　在某個醫學會議上黃飛鴻與革命黨領袖孫文（張鐵林）一見如故發現革命黨人對救國更具遠見時他決定幫助革命黨人逃過厄運隨后他直搗白蓮教總壇決勝九宮真人揭開迷信假像又因奮慨國運衰竭民智末開不惜與納蘭元述決一死戰